黏质沙雷氏菌3种几丁质酶基因的克隆及功能预测

• 作者: 丁少军 方继朝 郭慧芳 钟万芳
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 黏质沙雷氏菌 几丁质酶 结构域 基因克隆 生物信息学
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 植物保护
• 页码范围: 1000-1006
• 分类号: Q78
• 字数: 4991字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2011.05.015

摘要

黏质沙雷氏菌(Serratia marcescens)可产生多种几丁质酶,为比较黏质沙雷氏菌Txch-1中几丁质酶系在结构上的差别,利用3对特异性引物从Txch-1中扩增获得了3种几丁质酶SeChiA、SeChiC、SeChi40基因,并进行生物信息学分析与比较.结果表明:SeChiA基因全长2196bp,含有1个1 692 bp的开放阅读框,编码563个氨基酸.SeChiA与Sanguibacter sp.C4几丁质酶(ABB91448)及多种沙雷氏菌属的几丁质酶A高度同源(≥94.8％),与多种昆虫几丁质酶也表现出较高的同源性(≥68.74％);结构域分析发现SeChiA含有分泌信号肽、N端结构域和催化域.SeChiC基因全长1 623 bp,含有1个1443 bp的开放阅读框,编码480个氨基酸;SeChiC与S.marcescens不同菌株产生的几丁质酶C都表现出较高的同源性(≥95％);结构域分析发现SeChiC含有催化域、黏蛋白Ⅲ同源区及几丁质结合域.SeChi40基因全长1 501 bp,含有1个1 083 bp的开放阅读框,编码360个氨基酸;结构域分析发现它只含有催化域,而不含分泌信号肽和几丁质结合域.氨基酸序列比对发现SeChi40与其他几丁质酶的同源性较低(≤37.78％),可能是个新基因.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	方继朝	江苏省农业科学院植物保护研究所	80	747	15.0	22.0
2	郭慧芳	江苏省农业科学院植物保护研究所	54	581	14.0	21.0
3	钟万芳	江苏省农业科学院植物保护研究所	18	100	6.0	8.0
5	丁少军		26	187	7.0	13.0