麦红吸浆虫唾腺EST-SSRs的信息分析及分子标记筛选

• 作者: 吴仁海 巩中军 武予清 段云 罗礼智 苗进 蒋月丽
• 来源期刊: 昆虫学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 麦红吸浆虫 表达序列标签 EST-SSR 分子标记 多态性
• 年，卷（期）: 2011,（10）
• 所属期刊栏目: 进化与系统学
• 页码范围: 1147-1154
• 分类号: Q966|Q969
• 语种: 中文

摘要

昆虫EST资源库的扩充为开发新的分子标记提供了宝贵的资源.本研究对NCBI的EST数据库中来源于麦红吸浆虫Sitodiplosis mosellana唾腺的1 217条EST序列进行了unigene组装、SSR信息分析和EST-SSR分子标记筛选.结果表明:在1 047个unigenes中共找到141个SSR位点,分布于106个(10.12％) unigenes中,平均每3.49 kb出现一个SSR位点.在1～6碱基重复基元中,1～3碱基是主要重复类型,占总SSR的97.16％以上.A/T( 31.21％),AC/GT( 15.60％)和AAC/GTT(9.22％)分别是单、双和三碱基中占优势的重复基元类型.利用Primer Premier 5.0软件对查找的EST-SSRs进行引物设计,并以麦红吸浆虫基因组DNA为模板,对从中选出的26对SSR引物进行多态性检测.结果有20对(76.92％)引物能扩增出清晰的目的条带,并且其中9对(45％)引物表现出多态性.多态性分析结果表明,从9对EST-SSR引物中,共检测到51个等位基因,平均每个位点含有等位基因数为5.67,平均期望杂合度为0.65,平均多态信息含量为0.60.本研究能够为今后麦红吸浆虫的种群遗传结构与遗传多样性研究提供帮助.