结合基因表达数据和ChIP-chip数据的酵母转录调控模块的识别

• 作者: 王广云 王晓敏 王正志 黎刚果
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 基因表达数据 ChIP-chip数据 转录调控模块 调控因子 酵母
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 242-256
• 页数: 15页
• 分类号: Q-332
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2011.00242

摘要

活细胞依赖其众多的转录调控模块来实现复杂的生物功能,识别转录调控模块对深入理解细胞的功能及其转录机制有着重要的意义.本文结合酵母基因表达数据和ChIP-chip数据,提出了一种转录调控模块识别算法.该算法通过采用不同的P值阈值分别得到了核心集和粗糙集,然后对核心集和粗糙集进行判别,最后对基因进行扩展之后得到基因转录调控模块.将该算法运用到两个酵母基因表达数据中,得到了一些具有显著生物学意义的基因转录调控模块.与其它算法相比,该算法不仅可以识别含有较多基因的转录调控模块,而且可以识别一些其它算法不能识别的基因转录调控模块.识别得到的基因转录调控模块有着不同的生物学功能,并且有助于进一步理解酵母的转录调控机制.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王广云		4	6	1.0	2.0
2	王正志		20	293	7.0	17.0
3	王晓敏		1	0	0.0	0.0
4	黎刚果		2	1	1.0	1.0