金华猪和大约克猪分娩后21d乳腺microRNAs的预测和差异研究

• 作者: 党文庆 吕尊周 张立凡 徐宁迎 王颖 翟继鹏 蔡兆伟 郝柱
• 来源期刊: 农业生物技术学报
• 学科: 农学
• 关键词: miRNA 猪 乳腺 测序 表达差异
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 900-907
• 分类号: S828
• 字数: 6231字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1674-7968.2011.05.017

摘要

microRNAs(miRNAs)是一类单链小RNAs,是重要的基因表达调控因子,通过与靶基因的3＇UTR序列互补来调控基因的表达.鉴定乳腺组织的miRNAs及其靶基因,对揭示miRNA在乳腺组织基因调控中的作用十分重要.本研究分别从分娩后21 d金华和大约克母猪的乳腺组织中提取小RNA并构建各自的cDNA文库,通过Illumina Genome AnalyzerⅡx测序平台对它们进行高通量深度测序.将测序初始序列经过序列类型、长度、丰度的筛选得到比对序列,然后与已有的miRNA数据库、Genome和EST数据库进行比对.将两个猪种检测到的miRNA进行品种间差异性比较,并在差异性结果中选择相对丰度较高的前10个miRNA对其进行生物信息学分析.结果发现:金华猪乳腺组织的比对序列有9 672 024条,大约克猪6946 905条；共检测到金华猪单一序列miRNA有848个,大约克猪683个；金华猪预测的新单一序列miRNA有369个,大约克猪231个；两个猪种间差异显著的miRNA有288个(P＜0.01)；相对丰度较高的前10个miRNA的靶基因有1 829个,这些靶基因主要参与了抗原加工和呈递、Ⅰ型糖尿病、缝隙连接与精氨酸和脯氨酸代谢、同种异体移植排斥等代谢途径.本研究充实了猪miRNA数据库,同时为研究猪乳腺中miRNA的功能和调控机制提供了依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	徐宁迎	浙江大学动物科学学院	147	1170	18.0	27.0
2	蔡兆伟	浙江大学动物科学学院	17	123	7.0	10.0
3	王颖	浙江大学动物科学学院	60	354	9.0	17.0
4	党文庆	浙江大学动物科学学院	4	3	1.0	1.0
5	翟继鹏	浙江大学动物科学学院	8	44	3.0	6.0
6	张立凡	浙江大学动物科学学院	13	57	6.0	7.0
7	吕尊周	浙江大学动物科学学院	7	67	4.0	7.0
8	郝柱	浙江大学动物科学学院	6	34	4.0	5.0