基于公共数据库的西瓜EST-SSR信息分析与标记开发

• 作者: 包文风 尚建立 王吉明 马双武
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 西瓜 EST EST-SSR 引物
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 页码范围: 85-89
• 分类号: Q78
• 字数: 3346字
• 语种: 中文

摘要

为了给西瓜遗传基础研究提供新的共显性分子标记,对公共数据中的8619条西瓜EST序列进行处理和分析,获得202个EST-SSR,分布在191条EST序列中,出现频率为2.31%,分布密度为1/19.1kb.其优势重复基序为二核苷酸和三核苷酸(68.8%),在二核苷酸基序中以AG/TG类型为最多(46%);在三核苷酸基序中,以AAG类型为最多(43%).基序重复次数以4次(17.8%)、7次(15.3%)和11次(14.9%)为最多.长度主要分布在20～30 bp(76%).利用上述EST-SSR序列设计获得24对引物在西瓜白化致死近等基因系中进行验证,结果获得了16对有效的扩增引物,占总设计引物对数的66.7%.结果表明:利用公共数据库中的EST序列开发西瓜EST-SSR标记是一种有效的方法.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王吉明	中国农业科学院郑州果树研究所	57	440	10.0	19.0
2	马双武	中国农业科学院郑州果树研究所	56	482	12.0	19.0
3	尚建立	中国农业科学院郑州果树研究所	43	219	8.0	13.0
4	包文风	中国农业科学院郑州果树研究所	7	48	5.0	6.0