甜菜EST-SSR引物的开发与应用

• 作者: 史树德 张子义 田自华 邵金旺 魏磊
• 来源期刊: 中国糖料
• 学科: 农学
• 关键词: 甜菜 微卫星 表达序列标签 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 所属期刊栏目: 试验研究
• 页码范围: 1-5
• 分类号: S566.303|Q7
• 字数: 3488字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-2624.2011.03.001

摘要

利用NCBI公共数据库现有的甜菜(Beta vulgaris L.)表达序列标签(expressed sequence tags,EST)数据信息,开发了甜菜EST-SSR标记.在所有的29830条甜菜EST序列中共确认得到20109条非冗余EST序列,总长为11287.6kb.在含有微卫星重复的6951条EST序列中按照SSR引物设计要求,最终获得了2845个EST-SSR,平均每3.96 kb含有1个SSR.EST-SSR的分布频率和特征分析表明,A/T单碱基重复最多,其次是AAG/CTT三核苷酸重复,AG/CT二核苷酸重复,ACCTCC/AGGTGG等六核苷酸重复最少.随机合成了100对SSR引物,并分别选用6个甜菜品种进行多态性检验,将其按遗传相似性分为两组,多态信息含量(polymorphism information content,PIC)平均值为0.47.本研究证实这种全新的开发甜菜SSR标记的方法具有高效、多态性较高的特点,在甜菜遗传多样性分析、功能基因定位、遗传图谱构建以及比较基因组等研究方面有广阔的利用前景.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	邵金旺	内蒙古农业大学甜菜生理研究所	36	580	15.0	23.0
2	田自华	内蒙古农业大学农学院	35	447	14.0	19.0
3	张子义	内蒙古农业大学生命科学院	35	363	11.0	18.0
4	魏磊	内蒙古农业大学农学院	9	81	5.0	9.0
5	史树德	内蒙古农业大学农学院	30	119	7.0	9.0