黄萎病不同抗性陆地棉品种抗病基因同源序列生物信息学分析

• 作者: 张文蔚 王升正 简桂良 赵磊 齐放军
• 来源期刊: 棉花学报
• 学科: 农学
• 关键词: 棉花 抗病基因同源序列(RGA) 核苷酸结合位点似BS) 生物信息学分析 多态性
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 所属期刊栏目: 研究与进展
• 页码范围: 490-499
• 分类号: S435.621
• 字数: 4484字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1002-7807.2011.06.002

摘要

根据已知抗病基因NBS(Nucleotide-binding sites)保守区的P-loop和GLPL区设计一对简并引物F1/R1,以已鉴定黄萎病抗性的9个陆地棉品种基因组DNA为模板进行PCR扩增.在9个品种中均扩增出500bp左右的条带.对目的条带进行回收,连接、转化克隆得到350个阳性克隆,进行测序.在8个棉花品种中克隆到74条具有完整开放读码框的棉花RGAs序列.这74条序列共有64种不同的基因型,有10条与其它品种中的RGAs序列相同.用MEGA软件对8个棉花品种的74条RGA序列以及12个已知的抗病基因的NBS区域进行聚类分析,结果分为TIR和nonTIR两大类,而nonTIR类又细分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ 3类.4类RGAs之间的氨基酸序列相似性较低,而各大类之内来自不同品种的RGAs的相似度却非常高.推测各大类中相似性非常高的这部分序列分别属于同一个基因家族,从位点上说可能处于同一个基因簇.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	简桂良	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	54	1059	16.0	31.0
2	张文蔚	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	24	128	7.0	10.0
3	赵磊	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	13	264	8.0	13.0
4	齐放军	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	19	105	7.0	9.0
5	王升正	中国农业科学院植物保护研究所植物病虫害生物学国家重点实验室	3	16	2.0	3.0