鮸鱼EST序列中微卫星标记的初步筛选及特征分析

• 作者: 孙典巧 孙悦娜 徐田军 王日昕
• 来源期刊: 水生生物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 鮸鱼 EST-SSR 重复类型 分布特征 多态性
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 页码范围: 753-760
• 分类号: Q953
• 字数: 4481字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1035.2011.00753

摘要

为大规模发掘和利用I型微卫星标记,通过建立全长均一化cDNA文库和随机序列测定,对鮸鱼转录基因组进行较大规模的微卫星序列特征分析和初步筛选.研究从4609条高质量ESTs中筛选到382条微卫星序列,筛出率为8.29%,平均每318 bp的ESTs中就有一段不小于14 bp的微卫星序列.筛选到的微卫星全部在低拷贝区间,且重复类型丰富,其中,二核苷酸和三核苷酸重复类型出现频率较高,分别占微卫星总序列的37.43%和32.98%.这两种类型的微卫星序列占到所有微卫星序列数目的70.41%,而每种重复类型中的优势拷贝类型又存在差异,两核苷酸微卫星中AC型含量最高,达到75.4%；三核苷酸重复的优势重复类型是A、G组合的基元重复类型(AAG和AGG),占三核苷酸类型的44.75%.根据设计的45对引物的多态检测,在可以扩增的33对引物中筛选到9个多态位点,多态位点的比例达到20%.这表明黑鮸EST-SSR中的多态位点比较丰富,适于进行大规模EST-SSR多态标记的筛选.以上结果为近缘物种间的微卫星分布频率和丰度的比较、鮸鱼及近缘物种可用I型微卫星标记开发等工作提供基础和分析平台.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王日昕	浙江海洋学院海洋科学学院海洋生物资源及分子工程实验室	62	665	15.0	22.0
2	徐田军	浙江海洋学院海洋科学学院海洋生物资源及分子工程实验室	16	171	8.0	12.0
3	孙悦娜	浙江海洋学院海洋科学学院海洋生物资源及分子工程实验室	7	66	4.0	7.0
4	孙典巧	浙江海洋学院海洋科学学院海洋生物资源及分子工程实验室	2	20	1.0	2.0