DNA序列拼接中de Bruijn图结构的研究

• 作者: 任世军 王东阳 王亚东
• 来源期刊: 智能计算机与应用
• 学科: 工学
• 关键词: 生物信息学 基因组测序 DNA序列拼接 Euler路径 de Bruijn图
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 页码范围: 20-25,30
• 分类号: TP309.2
• 字数: 7372字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.2095-2163.2011.04.005

摘要

基因组测序是生物信息学中最基本的研究方向之一,然而大多数生物的基因组都不可能一次性获得,需要利用序列拼接技术对实验中获得的DNA片段进行拼接操作.目前,测序过程中获得的DNA片段越来越短,基于Euler路径的拼接算法在处理这种短片段拼按时具有优势.在Euler路径算法中,一个关键的步骤是de Bruijn图的构建,一直以来,构建de Bruijn图的方式总是让后一个k-mer与前一个k-mer 之间有k-1个碱基的交叠,相邻的两个k-mer之间相互错开一位.但文中的研究发现,如果有边连接的两个k-mer之间有k-2个或者更少的碱基相交叠,会对de Bruijn图结构复杂性产生重要影响.针对这些影响进行详细分析,并设计实验进行验证,实验结果表明,k-mer之间的错位数变化对de Bruijn图结构复杂性有显著影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王亚东	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	92	1036	16.0	29.0
2	王东阳	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	5	46	4.0	5.0
3	任世军	哈尔滨工业大学计算机科学与技术学院	18	228	7.0	15.0