草鱼含信号肽分泌蛋白的预测分析

• 作者: 孙翰昌 徐敬明 杨帆 袁万安
• 来源期刊: 水产科学
• 学科: 农学
• 关键词: 草鱼基因组 信号肽 蛋白分析 分泌
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 所属期刊栏目: 研究与应用
• 页码范围: 164-167
• 分类号: S917
• 字数: 4523字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1003-1111.2011.03.010

摘要

采用组合的信号肽分析软件SignalP 3.0,TMHMM 2.0,big-PI,TargetP 1.1和Lipop 1.0对已公布的522个草鱼ORF编码蛋白的N端氨基酸序列进行信号肽分析,同时系统分析了信号肽的类型及结构.结果表明,522个草鱼氨基酸序列中分泌蛋白有61个,占其基因组编码蛋白的11.7%.编码这些蛋白的可读框(ORF)最小值为127 bp,最大值为5032 bp,平均910 bp,引导它们的信号肽长度介于15～32个氨基酸之间,平均为21个氨基酸.通过对草鱼分泌蛋白切割位点信号肽类型分析发现具Ⅰ型信号肽的分泌蛋白有17个,Ⅱ型的有4个.草鱼分泌蛋白中,42个具可预测功能,19个为未知功能蛋白.已知功能的分泌蛋白主要集中于细胞代谢,细胞调控及转运,细胞膜结构,细胞的免疫等领域.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙翰昌	重庆文理学院生命科学与技术学院	55	297	9.0	15.0
2	杨帆	重庆文理学院生命科学与技术学院	43	311	9.0	16.0
3	徐敬明	重庆文理学院生命科学与技术学院	38	182	7.0	12.0
4	袁万安	重庆文理学院生命科学与技术学院	12	60	5.0	7.0