基于重叠信息的基因组测序短片段定位算法

• 作者: 卢志远 孙啸 谢建明
• 来源期刊: 东南大学学报（自然科学版）
• 学科: 工学
• 关键词: 短片段 唯一子串 唯一短片段 片段重叠信息
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 63-66
• 分类号: TP311.51
• 字数: 3986字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1001-0505.2011.01.013

摘要

提出了一种新的测序短片段定位算法Umap,算法引入核心片段逐步扩展延伸的基本思想,通过短片段间的重叠信息定位短片段.首先找出所有在参考基因组上只出现一次的短片段,称为唯一短片段.然后以唯一短片段为基础,利用短片段间的重叠信息,使用贪婪算法对唯一短片段进行扩展,进而确定其他非唯一短片段的准确位置.实验表明,该算法对短片段的定位比现有短片段定位算法更加准确,能够定位的短片段数目更多,匹配的短片段比率达到71%.通过利用客观存在于短片段间的重叠信息,可以更加准确地在参考基因组上对短片段在参考基因组上进行定位,减少模糊匹配.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孙啸	东南大学生物电子学国家重点实验室	71	488	12.0	20.0
2	卢志远	东南大学生物电子学国家重点实验室	3	32	1.0	3.0
3	谢建明	东南大学生物电子学国家重点实验室	50	187	7.0	10.0