凡纳滨对虾EST微卫星标记初步筛选

• 作者: 任春华 夏建军 张吕平 王艳红 胡超群
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 凡纳滨对虾 表达序列标签 微卫星 分子标记
• 年，卷（期）: 2011,（7）
• 页码范围: 969-976
• 分类号: Q958.1|S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2011.17340

摘要

对161 075条凡纳滨对虾dbEST(database of"Expressed Sequence Tags")的数据进行SSR序列筛选,搜索参数为二一六核苷酸重复6次以上(包括6次),共获得含SSR的EST序列12 600条,占整个凡纳滨对虾dbEST数据库的7.8%,其中二核苷酸重复10 104条,占总EST-SSR序列的80.2%;三核苷酸重复2036条(16.1%),四核普酸重复336条(2.7%),五核苷酸重复35条(0.3%),六核苷酸重复89条(0.7%).大部分发现的微卫星序列为完美型(perfect)的重复序列.在二核普酸所获得的SSR重复单元中,AG/CT是优势重复单元,共分布4 820条,占二核苷酸各重复单元的47.8%;其次是AC/GT重复,共分布3 584条,占二核苷酸各重复单元的35.4%;最后是AT/TA和CG/GC,分别占二核苷酸各重复单元的16.6%和0.2%.通过对凡纳滨对虾EST序列中SSR位点信息的发掘分析,共设计77对微卫星引物,在10个个体中成功扩增的引物有54对,成功扩增率为70.1%.其中多态性丰富的引物28对,多态率为51.9%.等位基因数为2-5,PCR产物大小为140-600bp.本研究筛选的EST-SSR标记将为凡纳滨对虾的分子遗传学研究、种质鉴定等提供可靠的工具.