毛竹EST资源SSR标记分析与筛选

• 作者: 余利 张智俊 杨丽 管雨 罗淑萍
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 毛竹 EST-SSR 分子标记
• 年，卷（期）: 2011,（5）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 989-996
• 分类号: S68
• 语种: 中文

摘要

对来源于NCBI公共数据库的非冗余3087条毛竹(Phyllostachys edulis)EST序进行简单重复序列SSR搜索发现:在401条毛竹EST序列中共查找到408个SSR位点,平均6.8 kb EST序列中含有1个SSR.其中二核苷酸和三核苷酸重复是毛竹EST-SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的43.14%和49.75%.SSR的不同重复基序中,最常见的重复基序是:(AG)n,占37.01%,其余出现频率较高的依次为(TC)n、(AGC)n、(GAG).和(CGC)n.根据搜索结果设计了182条毛竹EST-SSR引物,以12个不同种属的竹子DNA为模板,对引物进行了稳定性、通用性的验证与评价.结果表明有42对引物有较清晰且稳定的目标扩增产物,其中39对引物的产物存在多态性,说明设计开发的毛竹的EST-SSR标记是可行且有效的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	罗淑萍	新疆农业大学农学院	152	1655	22.0	30.0