简单重复DNA序列在哺乳动物mtDNA D-loop区的分布及进化特征

• 作者: 危金普 李红权 段斐 潘学峰
• 来源期刊: 遗传
• 学科: 生物学
• 关键词: 哺乳动物 线粒体DNA D-loop区 简单重复序列 分子进化
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 页码范围: 67-74
• 分类号: Q95
• 字数: 6171字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2011.00067

摘要

简单重复序列广泛分布于从原核到真核生物的基因组中,其形成的分子机理目前尚不明确.对NCBI数据库中已有256种哺乳动物线粒体DNA(mtDNA)D-loop区进行序列比对分析,根据其所含有的简单重复序列类型分为3组,分别是53种哺乳动物含有六核苷酸重复序列;104种哺乳动物含有非六核苷酸重复序列(>6bp);99种哺乳动物不含有任何重复序列.通过碱基序列分析比对,发现六核苷酸重复序列集中分布在CSB1-CSB2间隔区,而非六核苷酸重复可以分布于终止区(TAS)、中央保守(Central domain)以及CSB(Central sequence block)区.通过比较含有重复序列与不含重复序列的功能保守区发现,简单重复序列的存在并不明确影响D-loop区内的中央保守区以及CSB1、CSB2、CSB3三个功能保守区的碱基序列保守性.在此基础上,利用N-J法构建了256种哺乳动物的进化树,分析了哺乳动物D-Loop区内重复序列在进化过程中的可能变化规律,发现简单重复序列随着物种的进化地位的升高而呈现消失趋势.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	段斐	河北大学医学部	77	375	11.0	15.0
2	潘学峰	北京理工大学生命学院	12	49	5.0	6.0
4	李红权	河北大学医学部	21	116	7.0	10.0
7	危金普	北京理工大学生命学院	1	7	1.0	1.0