大鲵皮肤cDNA文库ESTs分析及Dynll2基因的分离与表达

• 作者: 刘小林 李锋刚 李雯娟 王立新 郑尧
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大鲵 皮肤cDNA文库 Dynll2基因 组织表达 进化关系
• 年，卷（期）: 2011,（6）
• 页码范围: 801-808
• 分类号: Q781|Q786|S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2011.17333

摘要

以本实验室构建的大鲵皮肤cDNA文库为材料,通过文库质量检测、随机测序、ESTs拼接、COG软件进行基因注释等对文库进行了分析,并从中分离获得了大鱿胞质动力蛋白轻链2(dynein light chain,LC8-type 2,Dyn1I 2)基因的cDNA序列,对Dynll 2基因进行了生物信息学分析及组织表达研究.结果表明,本实验室构建的大鲵cDNA文库初级库容为1.50x10-6cfu,文库重组率为94.8%,插入片段平均长度约为1 kb.400个随机克隆测序共获得343个有效ESTs,其中214条ESTs序列E-值<10-6,经COG软件归为9大类,其中与分泌蛋白、细胞代谢、细胞骨架以及信号转导相关的基因表达量最高,分别为31.3% 、14.0%、13.0%和12.6%.表明大鲵皮肤分泌活动强烈,代谢旺盛,这和大鱿皮肤发挥免疫、呼吸以及渗透压平衡等生理功能相一致.获得的大鲵Dynll2基因全长为682by,其中5′-UTR为57 by,3′-UTR为313by,生物信息学分析表明,该基因编码104个氨基酸,分子量为12.03ku,等电点PI值为7.05.Dynll2蛋白在88~104处有由里向外和由外向里的2个跨膜螺旋区,且二级结构以CL-螺旋为主;在69~87处有典型的"ZnF-C2H2"结构模体;经比较,其三级结构与鼠Dynll 2蛋白相似.Dynll2蛋白的进化分析表明,大鲵与无尾两栖类相比,更接近陆生动物.荧光定量实验表明,大鲵Dynll2基因在肌肉中高表达,在其他组织中低度表达.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	刘小林	西北农林科技大学动物科技学院	120	1293	18.0	31.0
2	李雯娟	西北农林科技大学动物科技学院	1	0	0.0	0.0