番茄果实EST资源SSR信息分析

• 作者: 于志海 侯丽霞 崔娜 李天来 韩明利
• 来源期刊: 华北农学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 番茄 EST-SSR 果实
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 页码范围: 213-217
• 分类号: Q78
• 字数: 3265字
• 语种: 中文

摘要

表达序列标签( Expressed sequence tags,EST)中存在广泛的微卫星或简单重复序列(Simple sequence repeats,SSR),为SSR标记的开发提供了宝贵的资源.以NCBI中与番茄(Solanum lycopersicum)果实性状相关EST序列为材料,对EST序列进行聚类去冗余、拼接等前期处理后,再进行EST-SSR搜寻及分析.结果表明:NCBI中与番茄果实性状相关的83 613条EST序列经CAP3拼接后获得18 878个UniGene,其中9 650个Contigs,9 228个Singlets.对UniGene利用MISA软件进行SSR位点搜寻,获得2 039条含有EST-SSR的序列,拼接后的UniGene的检出率为12.62％,包括97种重复基元.其中单核苷酸、二核苷酸、三核苷酸重复占主导地位,三者占总SSR位点数的98.91％.SSR在番茄果实EST上的分布密度为每5 451.6 mer出现1个SSR.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李天来	沈阳农业大学园艺学院设施园艺重点实验室	344	6082	39.0	60.0
2	崔娜	沈阳农业大学生物科学技术学院	45	428	12.0	20.0
6	韩明利	沈阳农业大学生物科学技术学院	4	40	4.0	4.0
7	于志海	沈阳农业大学生物科学技术学院	4	38	4.0	4.0
8	侯丽霞	山东农业科学院蔬菜所	4	38	4.0	4.0