基于散列辞典的蛋白质二级结构预测方法

• 作者: 南雨宏 陈绮
• 来源期刊: 计算机技术与发展
• 学科: 工学
• 关键词: 蛋白质二级结构 序列片段 散列辞典 α-螺旋 β-折叠
• 年，卷（期）: 2011,（10）
• 所属期刊栏目: 应用开发研究
• 页码范围: 168-170,175
• 分类号: TP311
• 字数: 3263字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-629X.2011.10.044

摘要

提出一种易于修改的蛋白质二级结构预测算法.以蛋白质数据银行中PDB文本数据作为数据源,提取所有蛋白质氨基酸序列并以此建立样本数据库,然后针对α-螺旋、β-折叠分别利用基于散列辞典的不同改进方法编程实现蛋白质二级结构序列片段预测,在预测过程中,随机抽取68 421个蛋白质中部分样本作为测试集,对未知序列根据建立的散列辞典中的片段使用正向最大匹配分词法进行切分对比.从实验结果来看,对未知序列片段预测的准确度达到了83.9％,而且能够较好地体现片段之间的连接顺序.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈绮	海南大学信息科学技术学院	11	93	3.0	9.0
2	南雨宏	海南大学信息科学技术学院	1	0	0.0	0.0