利用基因芯片技术筛选棉纤维伸长相关基因

• 作者: 于霁雯 喻树迅 张红卫 张金发 李兴丽 李龙云 翟红红 黄双领
• 来源期刊: 作物学报
• 关键词: 基因芯片 纤维伸长相关基因 差异表达基因 实时荧光定量PCR
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 所属期刊栏目: 作物遗传育种·种质资源·分子遗传学
• 页码范围: 95-104
• 分类号: S5
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1006.2011.00095

摘要

从回交近交系(backcross inbred lines,BIL)群体中选取纤维长度差异较大的两个系NMGA-062(33.03 mm)和NMGA-140(25.87 mm),利用Affymetrix棉花基因芯片,分析其开花后10 d(DPA,days post anthesis)棉纤维伸长相关基因表达谱.在24 029条转录本中,两材料间差异表达的转录本有7 282条,占总数的30.31%;其中差异表达倍数在2倍或2倍以上的转录本有3 993条,占筛选转录本总数的16.62%,功能分类表明这些转录本主要包括功能预测基因(15.57%),翻译、核糖体结构相关基因(13.54%)和翻译后修饰、蛋白质转换相关基因(9.29%)3大类.为了验证芯片数据的可信性,8个差异表达显著的基因(Ghi.10655.1.S1_s_at,ACO1,ARF1,SAHH,TUA6,TUA7,β-tub1,β-tub10)被用于实时荧光定量PCR.两种检测手段表现出一致性.随后,利用实时荧光定量PCR对3个与棉纤维相关基因(ARF1,β-tub1,β-tub10)在纤维发育不同时期(5、10、15、20和25 DPA)的表达模式进行了研究,结果表明,3个基因在纤维伸长发育时期(10和15 DPA)大量表达,推测这3个基因可能与棉纤维伸长有重要关系.