基于matK、rbcL和ITS序列的5种大叶藻系统发育研究

• 作者: 孙典荣 张沛东 李文涛 李渊 江鑫 郭栋 高天翔
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大叶藻属 虾形藻属 matK rbcL ITS 系统发育关系
• 年，卷（期）: 2011,（2）
• 页码范围: 183-191
• 分类号: Q949|S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2011.17134

摘要

运用PCR直接测序法,对采自爱尔兰、日本、韩国和中国的大叶藻、矮大叶藻、丛生大叶藻和红须根虾形藻及GenBank中的宽叶大叶藻5种大叶藻叶绿体的matK、rbcL和核糖体ITS的部分序列进行测定,并比较分析了5种大叶藻3个目的片段的核苷酸序列,结果发现胞嘧啶(C)在3个目的片段上的含量均较低.ITS片段检测到172处核苷酸替换,表现出丰富的遗传多态性.matK基因片段上有52处核苷酸替换,rbcL基因片段上有20处核苷酸替换,且大部分替换来自于第三密码子的同义替换,种间在氨基酸水平上产生了一定的分化.基于ITS、matK和rbcL 3个目的片段,利用邻接法、最大简约法、最大似然法和贝叶斯法构建的系统发育树结果基本一致,明显分为3大支.矮大叶藻与大叶藻属间3种大叶藻的核苷酸最小差异值为19.33%,在分子数据上达到了属的水平.基于matK和rbcL基因片段拼接序列的分析结果表明:大叶藻与丛生大叶藻的分化时间在上新世(2～2.7百万年前),与宽叶大叶藻的分化时间在上新世(4～5.3百万年),与矮大叶藻的分化时间在渐新世(27～36百万年前),与红须根虾形藻的分化时间在始新世(33～44百万年前).4个地区大叶藻的ITS片段序列完全相同,结果表明大叶藻ITS区的变异程度与地理距离不相关,其不适用于大叶藻不同地理株间的分子系统演化.该研究进一步阐述了5种大叶藻的系统发育关系,同时也为国内海草的分子系统发育研究提供重要参考.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李渊	中国海洋大学水产学院	15	171	9.0	12.0
2	孙典荣	中国水产科学研究院南海水产研究所	37	640	16.0	24.0
3	张沛东	中国海洋大学水产学院	73	917	17.0	25.0
4	郭栋	中国海洋大学水产学院	5	67	3.0	5.0
5	高天翔	中国海洋大学水产学院	154	2739	28.0	41.0
6	李文涛	中国海洋大学水产学院	52	566	14.0	22.0
7	江鑫	中国海洋大学水产学院	1	15	1.0	1.0