利用Solexa测序技术鉴定苋菜试管开花过程中的miRNAs

• 作者: 刘生财 林玉玲 赖钟雄 陈晓东
• 来源期刊: 热带作物学报
• 学科: 农学
• 关键词: 苋菜 试管开花 miRNA solexa测序
• 年，卷（期）: 2011,（7）
• 所属期刊栏目: 生物技术与组织培养
• 页码范围: 1296-1303
• 分类号: S636.4
• 字数: 5441字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-2561.2011.07.022

摘要

利用Solexa测序技术对苋菜试管开花过程中的miRNAs进行筛选和鉴定,使用GO数据库和KEGG代谢途径数据库对靶基因进行功能注释和分类.结果显示:共得到sRNA Unique序列5 457 486条,其中与拟南芥基因组完全匹配有27 596条,仅仅占0.51％;miRNA主要分布在18 nt～25 nt之间,其中长度为24 nt序列数量最多;苋菜试管开花过程中miRNA的表达丰度存在明显差异,主要低丰度表达;总共鉴定了235个已知的苋菜miRNA,构成20个家族,不同家族间成员数量存在巨大差异;苋菜保守miRNA的长度主要集中在21 nt和20 nt;另外总共获得14个候选的新miRNA,其中有8个miRNA含单个基因座,另6个miRNA具备多个基因座;11个候选的miRNA预测到了靶基因,总共对应着约46个基因符合靶标特征.这些靶标参与植物生物体的各个发育进程,在苋菜试管开花过程中对生物过程、细胞组分及分子功能起到重要作用.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	赖钟雄	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	473	4127	31.0	41.0
2	林玉玲	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	148	560	10.0	16.0
3	刘生财	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	52	150	7.0	8.0
4	陈晓东	福建农林大学园艺植物生物工程研究所	2	15	2.0	2.0