紫贻贝EST-SNP的筛选及多态性检测

• 作者: 李宏俊 梁瑜 苏浩 赫崇波 邢坤 隋立军 高祥刚
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 紫贻贝 单核苷酸多态性 表达序列标签 等位基因特异性PCR 熔解曲线
• 年，卷（期）: 2011,（3）
• 页码范围: 348-355
• 分类号: Q347|S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2011.17223

摘要

利用EST数据库开发SNP是筛选SNP标记的重要途径.本研究利用EST数据库开发紫贻贝的SNP标记,利用QualitySNP软件对紫贻贝已有的19 709条EST序列中含有4条以上同源序列的重叠群进行分析,在含有4条以上同源序列的963个重叠群中,筛选得到候选SNP位点4 833个,SNP的平均频率为129.1 bp,其中C/T和A/G突变较多,分别占总数的28.8%和27.4%.根据候选SNP位点设计30组引物,通过等位基因特异性PCR结合溶解曲线分析,在30个野生个体中进行基因分型验证,6组引物(20%)没有扩增产物,10组引物(33%)没有多态性,14组(47%)引物具有二等位基因多态性,稀有等位基因的频率为0.083～0.446,观测杂合度和期望杂合度的范围分别为0.166 7～0.615 4和0.155 4～0.503 2.序列比对结果显示,14组引物中的12个SNP位点位于基因编码区,并且全部为同义突变.研究结果表明,EST数据库中存在大量的SNP位点,差异熔解曲线法是一种高效便捷的SNP分型方法,所筛选的SNP标记可用于紫贻贝遗传学分析.