抗DON单域重链抗体序列分析及三维建模与对接

• 作者: 付金衡 刘夏 涂追 许杨 陶勇
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 单域抗体 脱氧雪腐镰刀菌烯醇 分子模拟 分子对接
• 年，卷（期）: 2011,（4）
• 所属期刊栏目: 加工贮藏·质量安全
• 页码范围: 893-898
• 分类号: Q511
• 字数: 2853字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2011.04.036

摘要

探讨应用分子模拟与对接技术预测抗脱氧雪腐镰刀菌烯醇( DON)单域重链抗体(DONIV2)的三维结构及其与DON的结合模式.采用生物信息学相关工具和网站分析预测DONIV2的理化特性及其二级结构,同源建模方法获得三级结构,然后采用分子对接软件Autodock 4.2将三维结构模型与DON进行分子对接.二级结构和三级结构分析显示,DONIV2由10个β片层结构组成,CDR区为无规则卷曲结构,位于分子的一端,在CDR1、CDR2与CDR3之间形成l条宽度约为1.2 nm的凹槽结构.对接结果显示,可能的DON结合位点由Arg59、Argl03和Argl05等残基组成,他们位于CDR2和CDR3区域.表明通过分子模拟与对接相关工具获得了DONIV2的一、二、三级结构及可能的结合活性位点,为深入认识DON与抗体相瓦作用机理提供了理论指导,并为下一步DONIV2体外亲和力的成熟提供了线索.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	许杨	南昌大学食品科学与技术国家重点实验室	122	1863	22.0	38.0
5	涂追	南昌大学食品科学与技术国家重点实验室	19	126	5.0	11.0
9	付金衡	南昌大学中德联合研究院	18	100	6.0	9.0
11	刘夏	南昌大学食品科学与技术国家重点实验室	3	28	2.0	3.0