杏EST-SSR标记的开发

• 作者: 上官凌飞 宁宁 房经贵 李晓颖 王玉柱 章镇
• 来源期刊: 园艺学报
• 学科: 农学
• 关键词: 杏 梅 EST-SSR 遗传差异分析
• 年，卷（期）: 2011,（1）
• 所属期刊栏目: 果树
• 页码范围: 43-54
• 分类号: S662.2|S662.4
• 语种: 中文

摘要

利用MISA软件对NCBI上杏的15387条EST序列进行SSR位点查找,发掘出含有SSR位点的序列1073条,共有1353个SSR位点,候选SSR位点出现的频率为8.79%.二核苷酸、三核苷酸和四核苷酸重复是最主要的重复类型,分别占23.50%、38.80%和23.43%.设计了50对EST-SSR引物并进行PCR扩增,发现40对引物能扩增出理想的PCR产物,其中有25对引物能够扩增出多态性带.随机对7对引物的部分杏扩增片段进行了测序分析,发现有57.1%的片段具有相应的SSR位点,对梅DNA指纹中部分谱带的测序结果也证明是杏扩增出的相应的SSR位点.根据推算,从杏EST中开发SSR标记的开发效率为3.98%.进一步选用20对扩增效果最好的引物对24个杏品种,16个花梅品种以及8个果梅品种进行DNA指纹构建与遗传多样性分析,结果表明,来源于杏的EST-SSR引物在梅中有很高的通用性,杏和梅是遗传差异明显的两种植物,果梅与花梅在遗传上是不能分为两类的同种植物.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	章镇	南京农业大学园艺学院	286	5756	35.0	58.0
2	王玉柱	北京市农林科学院林业果树研究所	65	700	13.0	23.0
3	上官凌飞	南京农业大学园艺学院	37	426	13.0	20.0
4	房经贵	南京农业大学园艺学院	194	3087	29.0	47.0
5	李晓颖	南京农业大学园艺学院	15	192	7.0	13.0
6	宁宁	南京农业大学园艺学院	3	62	3.0	3.0