基于氨基酸对含纤连蛋白域蛋白质亚细胞的定位预测

• 作者: 周跃 张瑗 李立奇 王开发
• 来源期刊: 中国组织工程研究与临床康复
• 学科: 医学
• 关键词: 亚细胞定位 氨基酸对 纤连蛋白 支持向量机 k最近邻
• 年，卷（期）: 2011,（21）
• 所属期刊栏目: 技术与方法
• 页码范围: 3983-3986
• 分类号: R318
• 字数: 1304字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1673-8225.2011.21.044

摘要

背景:含FN域蛋白质在促进细胞迁移、黏附、生长、分化等方面发挥了重要功能,已被广泛应用于各种新型生物材料中.研究它们的亚细胞位置有利于它们的生物功能研究和新型生物材料开发.目的:实现含纤连蛋白域蛋白质的亚细胞定位预测.方法:从UniProt数据库中随机抽取80个人类含纤连蛋白域蛋白质.计算每个蛋白质的400种氨基酸对数量并组成400维向量.分别利用支持向量机和k最近邻法调用每个蛋白质的400维输入向量进行训练和测试.同时,利用jackknife检验法对测试结果进行检验.结果与结论:利用支持向量机法和k最近邻法法预测含纤连蛋白域蛋白质的亚细胞定位预测准确率分别为92.5%和95.0%.说明利用支持向量机和k最近邻法算法预测含纤连蛋白域蛋白质的亚细胞位置具有重要意义,有利于此类蛋白质的功能研究和新型生物材料的表面改造设计.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周跃	解放军第三军医大学新桥医院骨科	27	88	6.0	7.0
2	张瑗	解放军第三军医大学新桥医院骨科	3	3	1.0	1.0
3	李立奇	解放军第三军医大学新桥医院骨科	1	0	0.0	0.0
4	王开发	解放军第三军医大学计算机教研室	1	0	0.0	0.0