软腐欧文氏菌代谢网络重构及其在靶标筛选中的应用

• 作者: 孔德信 王君 王成 陈玲玲
• 来源期刊: 计算生物学
• 学科: 农学
• 关键词: 胡萝卜软腐欧文氏菌 代谢网络重构 流平衡分析 同源模建 虚拟筛选
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 页码范围: 1-9
• 页数: 9页
• 分类号: S4

摘要

欧文氏杆菌(Erwinia)是一类重要的农作物致病细菌,侵染宿主范围广,在世界范围内造成了严重的经济损失,其中Erwinia carotovora subsp. atroseptica SCRI1043 (Eca SCRI1043) 可导致马铃薯感染黑胫软腐病,危害极大。本文构建了Eca SCRI1043基因组的代谢网络,并进行拓扑结构和流平衡分析,以此筛选出网络的中心节点。若中心节点所代表的酶收录在TTD数据库中,则此酶可作为农用杀菌剂的候选靶标。随后选取靶标十一异戊二烯焦磷酸酶(Upps),采用specs公司的商品化合物数据库作为小分子数据库,对靶标进行高通量虚拟筛选,对综合打分结果最好的前400个化合物进行目筛后得到73种先导化合物,这73种先导化合物可以进一步进行后续生测实验以确定其杀菌活性。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	孔德信	华中农业大学生命科学技术学院	4	7	1.0	2.0
2	王君	华中农业大学生命科学技术学院	4	11	2.0	3.0
3	陈玲玲	华中农业大学生命科学技术学院	3	3	1.0	1.0
4	王成	华中农业大学生命科学技术学院	1	0	0.0	0.0