昆虫共生菌沃尔巴克氏体(Wolbachia)的wsp基因密码子使用模式分析

• 作者: 刘彦群 姜义仁 李苗苗 石生林 秦利 谌苗苗
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 生物学
• 关键词: 昆虫共生细菌 沃尔巴克氏体 外膜蛋白基因 碱基组成 密码子使用模式
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 109-115
• 分类号: Q939.1
• 字数: 4789字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0257-4799.2012.01.019

摘要

沃尔巴克氏体(Wolbachia)主要感染昆虫等节肢动物,是一类革兰阴性共生细菌.为探讨昆虫纲共生菌Wolbachia的系统发育,研究Wolbachia基因组中进化速度较快的外膜蛋白基因wsp的密码子使用模式及影响因素,统计分析该基因的GC含量(GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)等指标.结果显示:昆虫纲共生菌Wolbachia的wsp基因密码子偏好性均不强,昆虫纲不同目间共生菌Wolbachia的wsp基因碱基组成及ENc值差异较小；多数基因数据点沿标准曲线或在其附近分布,突变对碱基组成的影响较弱；18种由多个密码子编码的氨基酸中有11种氨基酸的偏好性密码子在昆虫纲7个目及对照蛛形纲1个目间均相同,有2种氨基酸的偏好性密码子在7个目间相同,这些密码子均以A/U结尾；供分析的140个wsp基因中仅编码6个半胱氨酸(Cys)；对应分析中第1、第2向量轴贡献率均不高,分别为13.53％和12.49％,均与碱基组成(GC1、GC2、GC3)显著相关.综合各项分析认为,Wolbachia的wsp基因密码子偏好性不具有宿主分类特异性,密码子使用模式主要受碱基组成影响,而碱基组成主要受选择影响.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	石生林	沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心	57	230	10.0	12.0
2	刘彦群	沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心	45	305	11.0	15.0
3	秦利	沈阳农业大学生物科学技术学院	109	526	13.0	17.0
4	姜义仁	沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心	58	202	9.0	12.0
5	李苗苗	沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心	2	8	1.0	2.0
6	谌苗苗	沈阳农业大学生物科学技术学院辽宁省昆虫资源工程技术研究中心	1	1	1.0	1.0