基于编码序列、基因间序列和氨基酸序列构建的系统发生关系比较

• 作者: 刘国庆 李宏 杨林源 赵小庆
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 系统发生关系 二核苷酸频率 碱基长程关联 编码序列 基因间序列
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 157-168
• 页数: 12页
• 分类号: Q61
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2012.10022

摘要

以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间的短程关联和长程关联作用,得到编码序列的密码对和基因间序列的三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系.无论是基于编码序列还是基因间序列对信息进行聚类,古菌或真核均被聚在一支上,表明聚类参数的选择是合适的；与基于氨基酸序列构建的系统发生关系进行两两比较,发现大部分硬壁菌的编码序列与基因间序列之间,以及编码序列与氨基酸序列之间的进化都存在较大差异.通过分析认为,只有综合考虑这三类序列的进化信息,才可能得到更自然的系统发生关系.