大豆TCP转录因子家族结构域分析及功能预测

• 作者: 刘春燕 刘洋 张丽伟 张慧 王琳琳 胡国华 辛大伟 陈庆山
• 来源期刊: 大豆科学
• 学科: 农学
• 关键词: 大豆 TCP转录因子 结构域分析 功能预测
• 年，卷（期）: 2012,（5）
• 所属期刊栏目: 遗传育种·分子生物学
• 页码范围: 707-713,717
• 分类号: S565.1
• 字数: 4686字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-9841.2012.05.004

摘要

利用已知的拟南芥TCP基因和大豆基因组数据库,通过生物信息学方法,鉴定并获得了大豆TCP家族基因序列,基因定位信息.共鉴定大豆TCP基因54个,分布在大豆除14号染色体外的其他19条染色体上.对54个基因进行进化和聚类分析及功能结构域的分析,发现全部具有高度保守的TCP结构域.根据结构域差异和系统发育分析的结果,将大豆TCP转录因子家族分成2个TCP亚家族.以生物信息学手段和已有的其他物种的TCP基因进行了比较分析,大豆TCP基因占总数的3.5％,与拟南芥同源基因比较,序列长度存在相似性.对启动子元件分析显示,TCP基因含有大量与在子叶、根、茎处大量表达有关的元件及对分生组织有作用的元件.