麦穗鱼线粒体基因组序列测定及分析

• 作者: 史妍茹 尤平 陈涛
• 来源期刊: 动物分类学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 麦穗鱼 线粒体基因组 rRNA二级结构 控制区
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 页码范围: 10-19
• 分类号: Q951
• 语种: 中文

摘要

利用麦穗鱼Pseudorasbora parva和相关鱼类的部分线粒体基因序列,设计出2对长批引物和30对短批引物,采用基于长PCR的2次PCR扩增法测定并注释麦穗鱼线粒体基因组全序列.结果表明,麦穗鱼线粒体基因组长16600 bp,A+T含量为58.9％,37个基因位置及组成与其它硬骨鱼一致,均由13个蛋白编码基因、22个tRNA、2个rRNA基因和1个控制区(D-loop)组成.其中L链仅含8个tRNA(Pro、Tyr、Ser、Ala、Asn、Cys、Glu、Gln)及ND6基因,其余基因皆由H链编码.基因排列紧密,间隔序列共计13处64 bp,长度从1～32 bp不等；基因重叠区7处23 bp,重叠碱基数在1～7bp之间.13个蛋白编码基因中,除COI起始密码子为GTG外,其余均以ATG为起始密码子；有8个基因(ND1、ND2、COI、ATP6、ATP8、ND4L、ND5、ND6)3端有完全的TAA或TAG终止密码子,其它5个基因终止密码子为不完整的TA (ND3和ND4)或T(COⅡ,COⅢ,Cyt b).除tRNAser(AGY)外,其余21个tRNA基因的二级结构均为典型的三叶草结构.预测的lrRNA二级结构共有6个结构域,53个茎环结构,srRNA二级结构包含43个茎环结构.控制区(D-loop)存在3个结构区:终止序列区(TAS)、中央保守区( CSB-F、CSB-D)和保守序列区(CSB-1、CSB-2、CSB-3),其中TAS与DNA复制终止相关,出现茎环结构.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	陈涛	陕西师范大学生命科学学院	8	40	2.0	6.0
3	尤平	陕西师范大学生命科学学院	23	122	5.0	10.0
4	史妍茹	陕西师范大学生命科学学院	4	18	2.0	4.0