水稻南方黑条矮缩病毒湖南鼎城株系S10片段的基因组序列分析

• 作者: 周倩 崔亚 朱俊子 蒋坚 高必达
• 来源期刊: 基因组学与应用生物学
• 学科: 农学
• 关键词: 南方水稻黑条矮缩病毒 S10片段 基因组序列分析
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 160-166
• 页数: 7页
• 分类号: S435.111.4
• 字数: 4690字
• 语种: 中文

摘要

运用RT-PCR技术克隆了水稻南方黑条矮缩病毒（southern rice black-streaked dwarf virus,SRBSDV）湖南鼎城株系的基因组S10片段（SRBSDV-HuNDCS10）,并对其全序列进行了测定和生物信息学分析。结果显示,SRBSDV-HuNDC S10片段全长为1797bp（登录号：JQ337964）,含有1个ORF,编码557个氨基酸残基的衣壳蛋白,推测分子量约62.6kD,推测等电点为7.62,与已报道的广东、海南和云南分离物病毒的S10作比较,它们的核苷酸相似性分别为99.7%、99.0%和98.4%,氨基酸相似性分别为100.0%、99.5%和99.3%。对SRBSDV-HuNDCS10及部分Fijiviruses病毒对应片段在5＇URT与3＇URT存在的保守序列和互补序列进行了归纳,对其ORF编码的氨基酸序列进行了motif查找,得到该属（Fijiviruses）氨基酸序列的10个保守区段。此外,进行了糖基化位点、磷酸化位点及B细胞抗原表位预测,发现了3个可能的N端豆蔻酰基化位点,可能与病毒的侵染机制有关。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	朱俊子	湖南农业大学生物信息系	4	42	2.0	4.0
2	崔亚	湖南农业大学生物信息系	2	2	1.0	1.0
3	蒋坚	湖南农业大学生物信息系	2	2	1.0	1.0