芦笋EST资源的SSR信息分析

• 作者: 吴建霞 张智俊 李亚玲 管雨
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 农学
• 关键词: 芦笋 EST -SSRs 引物
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 页码范围: 96-100
• 分类号: S664.1
• 字数: 2906字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.02.08

摘要

为了在芦笋中开发EST - SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8 590条芦笋(Asparagus officinalis L.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索.剔除冗余序列,得到非冗余序列8 377条.在非冗余序列中共挖掘出469个EST - SSR,平均相隔14.80 kb出现1个SSR.在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51％ (190/469),其次是三核苷酸34.97％ (164/469),六核苷酸21.11％(99/469).在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22％ (62/469).选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80％,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对.这些EST - SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究.