计算机重构石油烃降解的微生物代谢途径

• 作者: 何涛 汪莉 王东 王玉民 邵卫东
• 来源期刊: 生物技术通讯
• 学科: 生物学
• 关键词: 石油污染 生物修复 基因工程菌 广度优先搜索算法
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 220-227
• 分类号: Q811.4
• 字数: 4517字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1009-0002.2012.02.018

摘要

目的:用计算机重构石油烃降解通路,为石油污染的生物修复提供理论依据.方法:利用KEGG反应、化合物数据提取反应等式,过滤掉所有反应中的通用化合物及小分子化合物并构建反应矩阵,然后利用广度优先搜索算法在反应矩阵中搜索降解石油烃的代谢途径.结果:计算机分别重构了256 132条链烷烃降解途径和44条环己烷降解途径,以酿酒酵母作为降解石油烃的基因工程菌为例,通过限制改构菌整合的关键酶数目,分别得到了213条不需要转入关键酶的链烷烃降解通路和6条以氧化还原酶、松柏醇脱氢酶或环己醇脱氢酶和环己酮单氧酶为关键酶的环己烷降解通路,并构建相应的降解网络图,标注每个反应的酶.结论:应用计算机重构了2种石油烃降解途径,可为利用微生物对石油污染进行生物修复提供理论依据.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	王东	军事医学科学院生物工程研究所	27	205	8.0	12.0
5	何涛	军事医学科学院生物工程研究所	9	19	3.0	3.0
6	邵卫东	苏州大学电子信息学院	12	40	3.0	6.0
7	汪莉	军事医学科学院生物工程研究所	15	84	4.0	8.0
8	王玉民	军事医学科学院生物工程研究所	32	154	7.0	11.0