5种家蚕病毒的密码子及密码对使用模式分析

• 作者: 姜义仁 李苗苗 杨瑞生 石生林 秦利
• 来源期刊: 蚕业科学
• 学科: 农学
• 关键词: 家蚕病毒 碱基组成 密码子 密码对
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 273-280
• 分类号: S884.5
• 字数: 5263字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.0257-4799.2012.02.013

摘要

通过分析5种家蚕病毒基因组密码子和密码对使用模式,初步探讨5种家蚕病毒的基因组进化和对宿主的适应策略.采用生物信息学方法对碱基含量( GCall、GC1、GC2、GC3、GC3s)、有效密码子数(ENc)、相对同义密码子使用度(RSCU)、密码对(codon-pair)等进行统计分析的结果表明:5种家蚕病毒的密码子偏好性均较低,病毒间的碱基组成及ENc值差异较小,碱基组成对密码子使用模式影响较小；不同病毒选择不同的偏好性密码子,不同病毒的密码对偏好性程度不同,其中,家蚕类葡萄斑点病毒(Bombyx mori macula-like virus,BmMLV)密码对偏好性最强,家蚕质型多角体病毒(Bombyx mori cypovirus,BmCPV)和家蚕核型多角体病毒(Bombyx mori nucleopolyhedrovirus,BmNPV)密码对偏好性最弱.聚类分析表明BmCPV和家蚕浓核病毒(Bombyx mori densovirus,BmDNV)的密码子使用模式相似,BmNPV和家蚕传染性软化病病毒(Bombyx mori infectious flacherie virus,BmIFV)的密码子使用模式相似；BmMLV、BmNPV和BmDNV的密码对使用模式相似,BmIFV和BmCPV的密码对使用模式相似.5种病毒的偏好性密码子和偏好性密码对不同,显示不同病毒的密码子和密码对的进化路径不同,对宿主的适应策略不同.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	姜义仁	沈阳农业大学生物科学技术学院	58	202	9.0	12.0
3	杨瑞生	沈阳农业大学生物科学技术学院	51	186	8.0	12.0
5	李苗苗	沈阳农业大学生物科学技术学院	2	8	1.0	2.0