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摘要:
大鼠已公布的mieroRNA(miRNA)数量明显少于小鼠及人miRNA的数量.本文采用同源搜索的计算方法预测大鼠新的miRNA.从miRBase数据库中下载已知动物的pre-miRNAs,在UCSC数据库中对大鼠的全基因组序列进行了Blat分析,并根据miRNAs的筛选标准,获得45条新的大鼠miRNAs;随后随机选取其中的9条新miRNAs进行RT-PCR实验验证,发现大部分miRNAs在脑、心、肺、肾、肌肉、脾、睾丸和肝8种组织中均有表达.在此基础上,对预测的新miRNAs进行了miRNA成簇分析和miRNA基因家族分析.
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文献信息
篇名 应用生物信息学寻找大鼠中新的microRNA分子及其实验验证
来源期刊 华东师范大学学报(自然科学版) 学科 生物学
关键词 miRNA 大鼠 生物信息学 同源性搜索
年,卷(期) 2012,(3) 所属期刊栏目 生命科学
研究方向 页码范围 154-160,170
页数 8页 分类号 Q74
字数 4149字 语种 中文
DOI 10.3969/j.issn.1000-5641.2012.03.020
五维指标
作者信息
序号 姓名 单位 发文数 被引次数 H指数 G指数
1 王琳 华东师范大学脑功能基因组学教育部重点实验室上海市脑功能基因组学重点实验室 25 136 7.0 11.0
2 董素珍 华东师范大学脑功能基因组学教育部重点实验室上海市脑功能基因组学重点实验室 4 26 2.0 4.0
3 张双 华东师范大学脑功能基因组学教育部重点实验室上海市脑功能基因组学重点实验室 1 0 0.0 0.0
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研究主题发展历程
节点文献
miRNA
大鼠
生物信息学
同源性搜索
研究起点
研究来源
研究分支
研究去脉
引文网络交叉学科
相关学者/机构
期刊影响力
华东师范大学学报(自然科学版)
双月刊
1000-5641
31-1298/N
16开
上海市中山北路3663号
4-359
1955
chi
出版文献量(篇)
2430
总下载数(次)
5
总被引数(次)
17499
相关基金
国家自然科学基金
英文译名:the National Natural Science Foundation of China
官方网址:http://www.nsfc.gov.cn/
项目类型:青年科学基金项目(面上项目)
学科类型:数理科学
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