基于特征片段信息的PH domain-like barrel蛋白质折叠类型分类方法

• 作者: 孔令强 李晓琴
• 来源期刊: 生物信息学
• 学科: 化学
• 关键词: 折叠类型 标准模板 打分函数 折叠类型分类
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 页码范围: 125-129
• 分类号: O641
• 字数: 4068字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1672-5565.2012.02.13

摘要

蛋白质折叠类型分类是蛋白质分类研究的重要内容.以SCOP数据库中的PH domain -like barrel折叠类型为研究对象,选择序列相似度小于25％的61个样本为检验集,通过结构特征分析,确定了该折叠类型的模板及其对应的特征参数,利用模板与待测蛋白的空间结构比对信息,提出了一个新的折叠类型打分函数Fscore,建立了基于Fscore的蛋白质折叠类型分类方法并用于该折叠类型的分类.用此方法对Astral1.75中序列相似度小于95％的16711个样本进行检验,分类结果的特异性为99.97％.结果表明:特征参数抓住了折叠类型的本质,打分函数Fscore及基于Fscore建立的分类方法可用于PH domain - like barrel蛋白质折叠类型自动分类.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	李晓琴	北京工业大学生命科学与生物工程学院	28	71	5.0	6.0
2	孔令强	北京工业大学生命科学与生物工程学院	3	10	2.0	3.0