茶树EST-SNP分布特征及标记开发

• 作者: 张成才 成浩 王丽鸳 韦康
• 来源期刊: 茶叶科学
• 学科: 农学
• 关键词: 茶树 表达序列标签 单核苷酸序列多态性
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 页码范围: 369-376
• 分类号: S571.1|Q52
• 字数: 5295字
• 语种: 中文

摘要

对NCBI网上公开的12757条茶树ESTs序列进行聚类,成功构建了茶树的独立基因(Unigene)数据库,发现茶树的EST序列冗余率约为68.2％.初步建立了茶树EST-SNP标记开发体系,明确了茶树EST中SNP的分布规律,茶树编码区的SNP发生频率约为0.58％,平均200bp就有1个SNP位点,并进一步推算出茶树基因组DNA序列的杂合率约为0.38％,平均300个碱基就可能出现1个杂合位点.从237个多基因聚类簇中发现了818个SNP候选位点,设计了25对SNP引物进行DNA重测序验证,发现EST-SNP候选位点的多态检出率为75％.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	成浩	中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心	59	991	19.0	29.0
2	王丽鸳	中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心	36	354	11.0	18.0
3	张成才	中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心	6	63	5.0	6.0
4	韦康	中国农业科学院茶叶研究所国家茶树改良中心	22	144	7.0	11.0