缺刻缘绿藻转录组测序及脂质代谢相关基因注释

• 作者: 周志刚 陈思弘
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 缺刻缘绿藻 转录组 焦磷酸测序 脂质代谢途径
• 年，卷（期）: 2012,（5）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 662-670
• 分类号: S917
• 语种: 中文

摘要

为了能深入地了解缺刻缘绿藻花生四烯酸（ArA）和脂质的代谢过程,利用Roche 454 GS FLX测序仪对该藻转录组进行高通量的焦磷酸测序。得到高质量读序（read）382 468条,占原始读序的97.14%,平均每条读序长322 bp,总大小达123 Mb。经CAP3软件拼接得到22 714条重叠群、25 621条singleton。将这些序列与公共数据库进行同源性搜索、比较、基因功能注释和分类。基于转录组中所注释的基因构建缺刻缘绿藻脂质代谢途径：脂肪酸是在叶绿体内从头合成,然后游离脂肪酸进入胞质,由内质网进行三酰甘油的合成,最后可能在油体蛋白作用下形成油滴并储在于细胞中。ArA自油酸是开始经过多个去饱和酶及延长酶的作用而产生的。油酸是由硬脂酰-ACP去饱和酶作用而形成的,而棕榈油酸是在叶绿体的糖脂上被去饱和而产生的。三酰甘油最终被分解成自由脂肪酸和丙酮酸,而长链脂肪酸是以酰基-辅酶A的形式逐级降解的。

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	周志刚	上海海洋大学水产与生命学院	25	123	5.0	10.0
2	陈思弘	上海海洋大学水产与生命学院	2	11	2.0	2.0