凹耳蛙MHC Ⅱ类B基因第二外显子多态性分析

• 作者: 吴海龙 李方 疏义林
• 来源期刊: 生物多样性
• 学科: 生物学
• 关键词: Odorrana tormota MHC B基因 两栖类 正向选择 跨物种进化
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 184-192
• 分类号: Q343
• 语种: 中文

摘要

两栖类正经历全球范围内的种群衰退,很多两栖动物集群灭绝事件与环境病原体(如壶菌(Batrachochytrium dendrobatidis)的侵扰有关.MHC基因的表达产物在有颌脊椎动物免疫应答过程中起关键作用,其多态性通常与动物对疾病的抗性或易感性密切相关,因而被认为是研究动物适应性进化的最佳候选基因之一.本文对中国特有的无尾两柄动物凹耳蛙(Odorrana tormota)MHC Ⅱ类B基因多态性进行初步研究.首先,利用l对通用引物扩增出凹耳蛙MHC Ⅱ类B基因exon2长约180 bp的DNA片段.在此基础上,利用ligation-mediated PCR进一步获取侧翼未知序列,序列拼接后长2,030 bp,包含exon2以及intronl和intron2的部分序列.基于上述序列设计出凹耳蛙B基因exon2特异性引物(IIQ1BU/IIQ1BD),对该物种黄山种群32个样品进行PCR扩增和克隆测序,共获得34个不同的等位基因,等位基因序列核苷酸和氨基酸变异位点的比例分别为16.17％(33/204)和26.87％(18/67),大多数氨基酸变异位点位于推测的抗原结合位点(antigen binding sites,ABS).每个样品包含2-5个等位基因,结合等位基因序列特征以及cDNA表达分析结果,推测凹耳蛙至少拥有3个可表达的B基因座位.与文献报道的蛙科其他物种比较后发现,尽管凹耳蛙目前的分布区非常狭窄,但其MHC Ⅱ类B基因多态性明显高于蛙科其他动物.等位基因碱基替换模式提示凹耳蛙MHC Ⅱ类B基因曾经历过强烈的正选择作用,ABS区的dN值显著大于ds(P＜0.05),PAML软件包CODEML程序中不同模型的似然比检测(likelihood rate test)结果同样支持上述推论,贝叶斯经验贝叶斯路径(Bayesian Empirical Bayes)共检测出5个显著受正选择作用的氨基酸位点.贝叶斯系统树的拓扑结构显示,无尾两栖类不同科的等位基因分别形成单系群,但蛙科不同属的等位基因未能形成单系群,蛙属绿池蛙(Rana clamitans)的1个等位基因与臭蛙属凹耳蛙的部分等位基因享有共同的谱系关系,提示蛙科不同属间的B基因存在跨种多态性.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	吴海龙	安徽师范大学生命科学学院安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室	26	247	9.0	15.0
2	疏义林	安徽师范大学生命科学学院安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室	4	9	2.0	2.0
3	李方	安徽师范大学生命科学学院安徽省重要生物资源保护与利用研究重点实验室	1	3	1.0	1.0