大口黑鲈两个亚种EST数据库分析

• 作者: 于凌云 景燕娟 李胜杰 白俊杰 蔡磊
• 来源期刊: 上海海洋大学学报
• 学科: 农学
• 关键词: 大口黑鲈 北方亚种 佛罗里达亚种 罗氏454测序 表达序列标签
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 水产生物技术
• 页码范围: 945-950
• 分类号: S917
• 语种: 中文

摘要

应用新一代高通量测序技术Roche 454对大口黑鲈（Micropterus salmoides）北方亚种和佛罗里达亚种进行转录组测序并建立ESTs数据库,结果得到北方亚种ESTs序列468 671条,佛罗里达亚种ESTs序列332 322条,两亚种ESTs序列的平均长度分别为306.5bp和304.4bp。将得到的高质量序列进行拼接,大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种共得到contig序列总数分别为42 056条和35 743条,平均长度分别为612.6bp和588.2bp。将大口黑鲈北方亚种和佛罗里达亚种的数据库合并,通过与蛋白数据库比对后,共78 938条EST序列被注释,根据Gene Ontology（GO）信息,对序列按照分子功能、细胞组成、生物学过程进行分类。通过对大口黑鲈合并的EST库信息进行大通量SSR和SNP位点的发掘,发现了含SSRs和SNPs的序列分别为25 469和8 547条。从EST数据库中随机选取75条contigs进行北方亚种和佛罗里达亚种的序列比较,结果表明两个亚种EST序列同源性为99.2%。