基于稀疏表示算法的蛋白质质谱数据特征选择

• 作者: 厉力华 孟旭莉 柯激情 祝磊 郑智国 韩斌
• 来源期刊: 生物物理学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 蛋白质质谱 稀疏表示 特征选择
• 年，卷（期）: 2012,（8）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 683-691
• 页数: 9页
• 分类号: Q61
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1260.2012.10089

摘要

高维、小样本数据的特征选择方法在蛋白质质谱数据处理分析领域有着广泛应用.本文针对蛋白质质谱特征选择问题,结合稀疏表示这一新理论框架,提出了一种基于稀疏表示的特征选择算法(sparse representation based feature selection,SRFS).该方法将稀疏表示分类的结果作为评定某一个特征子空间特征相对重要性的度量,然后通过对大量随机采样子空间计算结果的统计,得到特征空间中每个特征的排序,并进一步分析提炼出与肿瘤疾病相关的若干谱峰.通过在卵巢癌公共数据集OC-WCX2a和浙江省肿瘤医院乳腺癌数据集BC-WCX2a上的实验结果表明,SRFS算法可以有效应用于本文所使用的SELDI-TOF蛋白质质谱数据的分析.