苹果EST-SSRs标记开发及其应用于苹果品种遗传多样性分析

• 作者: 孙欣 张春华 房经贵 李荷蓉 王昆
• 来源期刊: 江苏农业学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 苹果 EST SSR 遗传多样性
• 年，卷（期）: 2012,（1）
• 所属期刊栏目: 园艺
• 页码范围: 158-165
• 分类号: Q78
• 字数: 4784字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1000-4440.2012.01.029

摘要

该研究旨在分析苹果EST中SSR位点分布规律,开发苹果EST-SSR引物,探究基于EST-SSR的苹果品种遗传差异.从NCBI公共数据库中下载63 708条苹果表达序列标签(Expressed sequence tag,EST),首先利用MI-SA软件进行SSR位点查找,筛选出符合条件的SSR位点,利用Primer 5.0 Plus软件设计49对引物,用非变性聚丙烯酰胺凝胶(PAGE)研究这些SSR引物的PCR扩增产物,总结其特点,并回收部分产物测序,以验证其真实性.结果显示63 708条苹果的EST序列中有5 423条含有总计6 153个SSR位点.二核苷酸、三核苷酸和六核苷酸重复是最主要的SSR类型,分别占总SSR的50.38％、14.85％和15.47％.电泳结果显示有33对引物能在22个苹果品种中扩增出理想的PCR产物,其中25对引物能扩增出多态性条带,测序结果显示引物能扩增出目标片段.ES7-SSR分子标记体系的聚类结果与富士系苹果家族关系基本吻合.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	房经贵	南京农业大学园艺学院	194	3087	29.0	47.0
2	张春华	江苏省农业科学院园艺研究所	7	45	4.0	6.0
3	孙欣	南京农业大学园艺学院	17	181	10.0	13.0
4	李荷蓉	南京农业大学园艺学院	1	8	1.0	1.0