基于 EST 序列的烟草 cSNP 发掘

• 作者: 刘贯山 孙玉合 李凤霞 王卫锋 王鲁 龚达平
• 来源期刊: 中国烟草科学
• 关键词: 单核苷酸多态性 序列表达标签 单体型 烟草
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 页码范围: 61-65
• 分类号: S572.01
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1007-5119.2012.06.012

摘要

SNP 标记是一类应用广泛的第三代分子标记.从 GenBank 下载普通烟草 EST 序列共计317175条,用 CAP3软件对序列进行拼接.设定 SNP 位点的冗余度大于2,采用 AutoSNP 软件检测 cSNP.结合位点所在序列的文库和品种信息以及多个 SNP 位点的共分离分值来评价其可信度.结果表明,317175条普通烟草 EST 拼接成重叠群中15429个重叠群至少包含4个读长,鉴定出53477个冗余度大于2 的候选 SNP,烟草中出现 SNP 的频率为0.34%.其中 SNP 的转换率大于颠换,插入/删除表现出 A/T 偏好.这些高质量 SNP 标记的发掘为开展烟草基因功能研究和分子育种奠定了良好的基础.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	龚达平	农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室中国农业科学院烟草研究所	1	3	1.0	1.0
2	王鲁	农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室中国农业科学院烟草研究所	1	3	1.0	1.0
3	李凤霞	农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室中国农业科学院烟草研究所	1	3	1.0	1.0
4	王卫锋	农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室中国农业科学院烟草研究所	1	3	1.0	1.0
5	刘贯山	农业部烟草类作物质量控制重点开放实验室中国农业科学院烟草研究所	1	3	1.0	1.0