RNAProbeDesigner:mRNA探针特异性序列搜索方法

• 作者: 刘子朋 张莹 徐晓燕 方慧生 李向真 李娟 艾观华
• 来源期刊: 药物生物技术
• 学科: 生物学
• 关键词: mRNA探针 BLAST 特异性寡核苷酸 探针设计 探针特异性 特异性打分
• 年，卷（期）: 2012,（3）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 251-255
• 页数: 5页
• 分类号: Q7
• 语种: 中文

摘要

mRNA不仅是生物体内蛋白质合成的“图纸”,还参与生命活动的很多调节过程.随着分子影像技术的发展,mRNA探针在医药领域的应用越来越广泛.探针的特异性是衡量探针效果的重要指标.本文基于BLAST的序列搜索方法,根据目标mRNA中的每个片段与细胞中其他RNA的相似程度,筛选可用于特异性识别mRNA的寡核苷酸片段,并将该方法编写为一套自动化的mRNA探针特异性序列的搜索程序——RNAProbeDesigner.选取4种蛋白的mRNA对该程序进行测试,结果显示,该程序搜索出的片段中,有部分结果在以往的文献中已被报道用于相应探针的设计,从而证明了该方法的可靠性.