烟草叶绿体密码子的偏好性及聚类分析

• 作者: 刘国顺 崔红 张松涛 杨惠娟
• 来源期刊: 中国烟草学报
• 学科: 农学
• 关键词: 烟草 叶绿体基因 密码子偏好性 聚类分析
• 年，卷（期）: 2012,（2）
• 所属期刊栏目: 生物技术
• 页码范围: 37-43
• 分类号: S572.01
• 字数: 3953字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3969/j.issn.1004-5708.2012.02.009

摘要

综合运用多种软件对3种烟草属植物以及其他对照植物的6个叶绿体蛋白编码基因进行了分析.结果表明,普通烟草在密码子使用特性上与林生烟草最为接近,在所分析的59个密码子中,有39个密码子的RSCU( Relative Synonymous Codon Usage)值完全一样;8种参与分析的植物中共出现了30个具有偏好使用的密码子,其中7种双子叶植物在碱基组成上偏爱以C结尾的密码子,而水稻偏爱以T和C结尾的密码子;以RSCU值为基础的聚类结果显示出植物的密码子偏好性具有种族特征,表明基于叶绿体蛋白编码基因的密码子使用特性的聚类结果较适合用于系统发育分析的重要补充.