茶树CBF1基因密码子使用特性分析

• 作者: 丁兆堂 杨路成 王玉 郭秀丽
• 来源期刊: 遗传
• 关键词: 茶树 CBF1基因 密码子偏好性
• 年，卷（期）: 2012,（12）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 1614-1623
• 页数: 10页
• 字数: 6103字
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1005.2012.01614

摘要

转录因子CBF(C-repeat-binding factor)广泛存在于各种植物中,是植物抗逆过程中一个重要的调节因子.文章运用CHIPS、CUSP 和CodonW 在线程序对茶树(Camellia sinensis)CBF1 基因(CsCBF1)序列进行分析,并与茶树基因、模式植物基因组和其他植物CBF 基因进行比较,对了解CsCBF1 基因密码子使用特性,并为其选择合适的表达系统具有重要意义.结果表明:CsCBF1 基因与70 个茶树基因对密码子的使用有明显的差异,CsCBF1 基因偏好使用以G/C 结尾的密码子,而筛选的70 个茶树基因偏好使用以A/T 结尾的密码子.在密码子使用频率上,CsCBF1 基因与拟南芥(Arabidopsis thaliana)、烟草(Nicotiana tobacum)的差异小于与小麦(Triticum aestivum)、玉米(Zea mays)的差异; 因此,拟南芥、烟草更适合作为CsCBF1 基因的外源表达宿主.通过分析40 种植物CBF 基因编码特点可知大部分CBF 基因偏好使用以G/C 结尾的密码子,这可能与基因的特殊功能有关.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	丁兆堂	青岛农业大学茶叶研究所	48	577	15.0	22.0
2	王玉	青岛农业大学茶叶研究所	45	650	15.0	24.0
3	郭秀丽	青岛农业大学茶叶研究所	1	39	1.0	1.0
4	杨路成	青岛农业大学茶叶研究所	2	79	2.0	2.0