里氏木霉不同糖苷水解酶基因转录水平比较分析

• 作者: 尉洪涛 董志扬 陈秀珍 陈飞 黄建忠
• 来源期刊: 菌物学报
• 学科: 生物学
• 关键词: 转录组测序 纤维素酶 实时荧光定量PCR α-甘露糖苷酶
• 年，卷（期）: 2012,（5）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 717-726
• 分类号: Q949.3
• 语种: 中文

摘要

以前期里氏木霉RNA-seq中发现的7个糖苷水解酶基因为对象,分析其不同条件下的表达特性,以期为寻找新的纤维素降解功能酶提供证据.运用生物信息学方法,分析了7个基因可能的编码产物和结构特征.以不同的产纤维素酶菌株(QM 9414、RUT C30)为材料,采用实时荧光定量PCR,对7个糖苷水解酶基因(编号4-10)在各种碳源条件下转录情况与主要的3个纤维素酶基因cbh1,cbh2,egl1(编号1-3)进行了比较分析.信息学分析表明,7个基因编码蛋白分属于GH47(4号、5号),GH92(6-8号),GH16(9号),GH31(10号)糖苷水解酶家族,具有典型的信号肽序列.cbh1,cbh2,egl1基因在纤维素酶诱导条件下,转录水平均表现显著的增加,上调倍数以QM 9414菌株表现的最高.QM 9414菌株中,cbh1,cbh2,egl1基因在纤维素条件下的上调倍数显著高于乳糖,3个基因在RUT C30菌株中的转录水平则显示乳糖条件下上调幅度更大.7个糖苷水解酶基因也存在类似的情况,而且编码α-甘露糖苷酶和内切β-葡聚糖酶的8号、9号基因上调倍数在纤维素酶诱导条件下仅次于纤维素酶基因,而以甘油为碳源条件下,8号、9号基因上调倍数高于纤维素酶基因.4号基因在上述碳源条件下,转录水平变化不大.结果表明:4号基因可能是组成型表达.基因5、6、7、8、9、10的表达呈现明显的菌株和碳源依赖性,且在纤维素酶诱导条件下基本上是和3个纤维素酶基因共转录的.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	黄建忠	福建师范大学生命科学学院工业微生物教育部工程研究中心福建省现代发酵技术工程研究中心	125	695	15.0	20.0
2	董志扬	中国科学院微生物研究所	46	1048	16.0	31.0
3	陈飞	中国科学院微生物研究所	33	316	10.0	17.0
4	陈秀珍	中国科学院微生物研究所	3	35	2.0	3.0
5	尉洪涛	福建师范大学生命科学学院工业微生物教育部工程研究中心福建省现代发酵技术工程研究中心	1	2	1.0	1.0