草鱼Ⅰ型胶原蛋白α1基因cDNA全序列克隆、组织分布及其生物信息学分析

• 作者: 余德光 刘邦辉 王广军 王海英 谢骏 郁二蒙 龚望宝
• 来源期刊: 水产学报
• 学科: 农学
• 关键词: 草鱼 Ⅰ型胶原蛋白 COL1A1 组织分布 生物信息学
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 页码范围: 849-858
• 分类号: Q781|S917
• 语种: 中文
• DOI: 10.3724/SP.J.1231.2012.27768

摘要

利用PCR和RACE方法首次克隆了编码草鱼肌肉Ⅰ型胶原蛋白的α1基因(COL1A1)的cDNA全长序列,为5772 bp,其开放阅读框为4 347 bp,编码1448个氨基酸.BLAST同源性分析结果显示,草鱼COL1Al基因的氨基酸序列与斑马鱼、金鱼同源性较高,分别为93.90％和93.60％,呈现出较高的保守性.系统进化树分析表明,该基因与斑马鱼、金鱼处于同一支,亲缘性最近.生物信息学分析显示,草鱼COL1Al蛋白质的相对分子质量为137.2 ku,理论等电点是5.44,为α螺旋β折叠三重螺旋结构蛋白.有18段三重螺旋重复域,22段低复杂度域,17个功能域.COL1A1蛋白有33～69,1249～1355两个绑定钙的区域和62～104一个绑定锌的区域.利用半定量RT-PCR方法检测的组织表达结果表明,COL1Al基因在草鱼肌肉、肠道、肝胰脏、鳃、皮肤、鳍条、肾脏和脾脏8个组织中均有表达,其中在皮肤、鳃、肾脏、鳍条组织中的mRNA表达量高于其他4个组织(P＜0.05).