白菜防御素基因的预测及结构功能分析

• 作者: 张涛 李荣冲 沈亮余 王瑞雪 赵敬会 郑小敏
• 来源期刊: 重庆师范大学学报（自然科学版）
• 学科: 生物学
• 关键词: 白菜 防御素 基因重复 进化
• 年，卷（期）: 2012,（6）
• 所属期刊栏目: 理论与应用研究
• 页码范围: 80-86,封三
• 分类号: Q37
• 字数: 6087字
• 语种: 中文

摘要

采用生物信息学的方法,通过已知防御素基因家族基因氨基酸序列在线Blast相似性比对,对白菜(Brassica rapa)基因组中防御素基因进行了预测和鉴定,分析了防御素基因在进化过程中各部分结构,包括上游区域、启动子区域、外显子区域、内含子区域以及UTR区域的结构变异以及功能变异,对该基因上游序列顺式作用元件和表达模式进行了预测.分析结果表明,白菜防御素基因编码60～80个氨基酸短肽,编码氨基酸均具有8个保守的半胱氧酸；白菜防御素基因功能结构域保持相对稳定,但部分基因成员前端信号肽序列出现变异；内含子长度出现增长、缩短、消失等3种变异模式；该基因上游启动子区域核苷酸变异较其他区域显著,上游序列顺式作用元件大多与光应答、逆境胁迫应答和信号分子应答相关.该基因表达模式预测结果表明白菜防御素基因在进化过程中可能出现分化,主要体现在基因沉默和表达部位的差异.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	张涛	重庆师范大学生命科学学院	50	315	10.0	16.0
2	郑小敏	重庆师范大学生命科学学院	4	22	3.0	4.0
3	王瑞雪	重庆师范大学生命科学学院	8	77	6.0	8.0
4	沈亮余	重庆师范大学生命科学学院	6	66	5.0	6.0
5	赵敬会	重庆师范大学生命科学学院	5	34	3.0	5.0
6	李荣冲	重庆师范大学生命科学学院	6	40	4.0	6.0