玉米持绿相关QTL整合图谱构建及一致性QTL区域内候选基因发掘

• 作者: 孟亚雄 尚勋武 张金林 慕平 方永丰 李永生 王汉宁 白江平
• 来源期刊: 草业学报
• 学科: 农学
• 关键词: 玉米 持绿性 数量性状位点(QTL) 整合图谱 元分析
• 年，卷（期）: 2012,（4）
• 所属期刊栏目: 研究论文
• 页码范围: 175-185
• 分类号: S513.03|Q943.2
• 字数: 8266字
• 语种: 中文

摘要

以玉米高密度遗传连锁图谱IBM2 2008 Neighbors为参考图谱,收集来自不同实验中的173个玉米持绿相关数量性状位点(quantitative trait locus,QTL)信息,利用BioMercator 2.1软件,构建出玉米持绿相关QTL整合图谱；采用元分析技术,在1,4,5,9号染色体上发掘出5个持绿“一致性”QTL区间.根据“一致性”QTL区间两端标记在玉米物理图谱B73 RefGen_v2上的位置,将“一致性”QTL区间进行物理图谱定位,利用Plant GDB(http://www.plantgdb.org/)在线区段批量下载工具(download region data)下载“一致性”区间的1 445个预测基因序列并进行生物信息学分析,发现预测基因主要参与具体的细胞过程,执行结合功能,催化、转移酶活性和氧化还原酶活性等分子功能.根据“一致性”QTL区间的基因位点名称,在NCBI中下载相关基因序列,与所在“一致性”QTL区间所有预测基因保守结构域进行比对,在5个“一致性”持绿QTL区间内初步确定8个持绿相关候选基因.利用GRAMENE网站(http://www.gramene.org/)的Cmap功能,将水稻持绿基因sgr(stay green)转定位于玉米物理图谱B73 RefGen_v2上,找到与其同源的玉米候选基因GRMZM2G091837_T01,其序列与已发表的玉米衰老诱导叶绿体持绿蛋白基因sgr1序列一致.