罗氏沼虾SSR标记再开发及其影响因素初探

• 作者: 丁福江 何安元 戴习林 施永海 蒋飞 邓平平
• 来源期刊: 生物技术通报
• 关键词: 罗氏沼虾 基因组 微卫星 引物设计 筛选
• 年，卷（期）: 2012,（10）
• 所属期刊栏目: 研究报告
• 页码范围: 142-149
• 页数: 8页
• 字数: 4161字
• 语种: 中文

摘要

在NCBI的Nucleotide数据库中检索到592条罗氏沼虾(Macrobrachium rosenbergii)基因组序列,其中含有SSR( simple sequence repeats)的序列占总数的16.39％,重复基元共有29种,以二核苷酸重复类型和三核苷酸重复类型为主,出现频率分别为14.02％和6.08％.整理G-SSRs序列并设计44对引物,以罗氏沼虾上海地方种群样本DNA为模板,对设计引物进行筛选,有32对引物的扩增产物条带比较清晰,占所设计引物总数的72.72％.用初步筛选得到的26对设计引物和已报道的37对SSR引物对罗氏沼虾江苏、广西以及上海地方种群进行引物的多态性筛选,分别得到9对和7对多态性引物.结果表明,种群的不同、序列的筛选和引物的设计直接影响到获得多态性引物的数量.

作者信息

序号	姓名	单位	发文数	被引次数	H指数	G指数
1	戴习林	上海海洋大学水产与生命学院	79	681	14.0	20.0
2	丁福江		62	651	13.0	22.0
3	邓平平	上海海洋大学水产与生命学院	6	64	5.0	6.0
5	施永海		79	343	12.0	15.0
8	何安元	上海海洋大学水产与生命学院	4	39	3.0	4.0
9	蒋飞	上海海洋大学水产与生命学院	5	40	3.0	5.0